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创伤弧菌TF3全基因组包含的CRISPR-Cas系统及MGIVvuTF3基因岛分析
云龙; 罗鹏; 田雨顺; 丁雄祺; 胡超群
2018
Source Publication微生物学报
Volume58Issue:07Pages:1266-1273
Abstract【目的】分析创伤弧菌(Vibrio vulnificus)全基因组框架序列,挖掘感兴趣的遗传位点,探索其是否具有CRISPR系统及其特征。【方法】在病虾体内分离获得了一株创伤弧菌TF3,通过Illumina Miseq测序得到基因组框架序列。经注释分析发现其基因组中存在一个CRISPR-Cas系统,命名为CRISPR-CasTF3,进一步分析发现CRISPR-CasTF3位于一个基因岛上,将该基因岛命名为MGIVvu TF3。对CRISPR-CasTF3及MGIVvu TF3的特征和来源进行了分析。【结果】CRISPR-CasTF3属于与大肠杆菌类似的Ι-E型CRISPR-Cas系统,CRISPR-CasTF3包括8个cas基因,其排列为cas3-cas8e-cse2-cas6-cas7-cas5-cas1-cas2;具有50个重复序列,每二个重复序列间为一个Spacer序列。MGIVvu TF3具有att L和att R序列,含有位点特异性整合、剪切、转移相关的基因。MGIVvu TF3与霍乱弧菌O395基因组中的一个基因岛MGIVch0395具较高相似性,二者最显著的差别在于Spacer序列完全不同,以及各有几个非保守的预测基因。【结论】MGIVvu TF3及CRISPR-CasTF3极有可能通过基因水平转移获得,并且CRISPR-CasTF3系统可以借助MGIVvu TF3实现水平转移。
Department中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东省应用海洋生物学重点实验室;中国科学院大学;
KeywordCrispr Cas基因 基因岛 创伤弧菌
Funding Project国家自然科学基金(31370149);; 广东省渔业科技攻关项目(20170228-9-3)~~
Document Type期刊论文
Identifierhttp://ir.scsio.ac.cn/handle/344004/17286
Collection中科院海洋生物资源可持续利用重点实验室
Corresponding Author云龙
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GB/T 7714
云龙,罗鹏,田雨顺,等. 创伤弧菌TF3全基因组包含的CRISPR-Cas系统及MGIVvuTF3基因岛分析[J]. 微生物学报,2018,58(07):1266-1273.
APA 云龙,罗鹏,田雨顺,丁雄祺,&胡超群.(2018).创伤弧菌TF3全基因组包含的CRISPR-Cas系统及MGIVvuTF3基因岛分析.微生物学报,58(07),1266-1273.
MLA 云龙,et al."创伤弧菌TF3全基因组包含的CRISPR-Cas系统及MGIVvuTF3基因岛分析".微生物学报 58.07(2018):1266-1273.
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