5种鳎科鱼类核糖体ITS1序列比较
龚理; 时伟; 杨敏; 司李真; 孔晓瑜
2017
发表期刊水产学报
卷号41期号:03页码:321-329
摘要核糖体基因在很长一段时间内被认为严格遵循协同进化方式,但是在很多种类中都发现了明显的序列多态性,表明其是非协同进化。为了检测鳎科鱼类核糖体内转录间隔区1(ITS1)序列是否存在多态性,并探究其能否作为种类鉴定的分子标记,本研究克隆获得了5种鳎科鱼类共118条ITS1全序列。结果显示,眼斑豹鳎具有两种差异显著的片段类型,表明其在基因组中遵循非协同进化方式;而在其余4种鳎科鱼类中均没有发现序列多态性,表明其为协同进化。序列分析显示ITS1具有明显的种间长度异质性,最短的序列出现在蛾眉条鳎(412 bp),最长的为眼斑豹鳎(585 bp)。碱基分析显示ITS1序列在5种鳎科鱼类中都呈现出相同的趋势:C>G>A>T,且GC含量为69.5%,远高于AT含量。聚类分析显示除眼斑豹鳎外,所有鳎类均单独聚为一支,种类区分度非常明显,表明ITS1序列能够作为种类鉴定的分子标记。但是眼斑豹鳎的一个克隆和东方箬鳎聚为一支,这种序列多态性对种类鉴定产生了干扰,因此用具有多态的ITS1序列作为分子标记时一定要有足够的克隆数量,避免因数据不充分而得到不正确的结论。
部门归属广西科学院广西红树林研究中心广西红树林保护与利用重点实验室;中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室;中国科学院大学;
关键词鳎科 内转录间隔区 种类鉴定 分子标记 假基因 非协同进化 聚类分析
资助项目国家自然科学基金(31272273);; 广西红树林保护与利用重点实验室开放基金(GKLMC-201502)~~
文献类型期刊论文
条目标识符http://ir.scsio.ac.cn/handle/344004/17336
专题中科院海洋生物资源可持续利用重点实验室
通讯作者龚理
推荐引用方式
GB/T 7714
龚理,时伟,杨敏,等. 5种鳎科鱼类核糖体ITS1序列比较[J]. 水产学报,2017,41(03):321-329.
APA 龚理,时伟,杨敏,司李真,&孔晓瑜.(2017).5种鳎科鱼类核糖体ITS1序列比较.水产学报,41(03),321-329.
MLA 龚理,et al."5种鳎科鱼类核糖体ITS1序列比较".水产学报 41.03(2017):321-329.
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5种鳎科鱼类核糖体ITS1序列比较_龚理(2312KB)期刊论文作者接受稿开放获取CC BY-NC-SA请求全文
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