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鳎超科 (Soleoidea) 3个科鱼类线粒体序列扩增及特征分析
董江星
Subtype硕士
Thesis Advisor孔晓瑜
2017-06-05
Degree Discipline海洋生物学
Keyword舌鳎科 冠鲽科 瓦鲽科 线粒体基因组 基因重排
Abstract鳎超科 (Soleoidea) 隶属于鲽形目 (Pleuronectiformes),含有8个科。关于鳎超科之间的系统关系一直没有得到很好的解决,一些研究发现通过重排信息进行系统发育研究,能够校正传统的和其他分子系统发育结果,有助于提高系统发育结果的可靠性。目前鳎超科中只有舌鳎科、冠鲽科、瓦鲽科3个科的物种中发现了重排,其中也出现了一些独特的现象。由于冠鲽科、瓦鲽科、舌鳎科无线鳎属(Symphurus) 物种的线粒体全基因组序列很少 (共5个),重排数据不足严重限制了以重排信息为分子标记进行系统发育探索的进程。因此我们选取黑鳃舌鳎 (Cynoglossus roulei)、褐斑三线舌鳎(Cynoglossus trigrammus)、波纹无线鳎 (Symphurus undatus) ;褐斜鲽 (Plagiopsetta glossa) 及瓦鲽科的一个物种 (Poecilopsetta.sp,未定种),并测定了它们的全序列 (或接近全序列)。 结果显示:褐斜鲽、瓦鲽sp、黑鳃舌鳎、褐斑三线舌鳎、波纹无线鳎线粒体基因组长度分别为18723bp、18484bp (未全,接近全长)、16589bp、16407bp、17442bp (未全,接近全长)。黑鳃舌鳎、褐斑三线舌鳎、波纹无线鳎基因组结构组成都包含有13个蛋白基因、2个rRNA基因和22个tRNA基因及1个控制区;褐斜鲽则含有13个蛋白基因、2个rRNA基因和24个tRNA基因及2个控制区;瓦鲽sp含有13个蛋白基因、2个rRNA和23个tRNA基因及3个控制区。这5个物种的线粒体基因组都发生了重排现象:黑鳃舌鳎、褐斑三线舌鳎都有tRNA-Gln基因的倒置并伴随着tRNA-Ile与tRNA-Gln之间的的滑移,控制区也转座到ND1和tRNA-Ile之间;波纹无线鳎线粒体基因重排方式与东方无线鳎相同,tRNA-Val和tRNA-Met基因移位到了16S rRNA基因末端;褐斜鲽线粒体基因组中不同位置的六个tRNA形成了六连体基因簇“Cys1-Tyr1-Ser1-Lys-Arg-Ser2”,“ND5-ND6-Glu-Cytb-Thr”则位于六连体之后,但这11个基因相对的排序没有发生变化;瓦鲽sp线粒体ND2-Trp-Ala及tRNA-Tyr基因移位到了控制区 (CR2) 与tRNA-Pro2之间。 我们用已有的反向复制删除重复基因模型来解释黑鳃舌鳎、褐斑三线舌鳎线粒体基因的重排现象;用复制?随机丢失模型 (TDRL) 来解释波纹无线鳎线粒体基因的重排现象;用双复制随机丢失模型 (DDRL) 来解释褐斜鲽与瓦鲽sp线粒体基因的重排现象。这些鱼类线粒体基因组中存在的间隔区、基因及控制区的重复、假基因等特征也为相应的模型提供了新的证据支持。 本研究结果不但丰富了鲽形目鱼类mtDNA全序列的数据库,通过研究探讨基因重排方式和重排机制等问题,也可以为揭示整个鳎超科系统关系及线粒体基因组进化提供分子生物学理论基础。
Document Type学位论文
Identifierhttp://ir.scsio.ac.cn/handle/344004/17423
Collection学位论文(硕士)
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GB/T 7714
董江星. 鳎超科 (Soleoidea) 3个科鱼类线粒体序列扩增及特征分析[D],2017.
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