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题名: 广州检出星状病毒4型的全基因组序列测定及分析
作者: 朱冰 ; 钟家禹 ; 李潇 ; 陈翊 ; 林涛 ; 吴灶和 ; 周荣 ; 龚四堂
关键词: 星状病毒 ; 基因组 ; 4型基因型 ; 序列分析
刊名: 中华微生物学和免疫学杂志
发表日期: 2006-01-01
卷: 26, 期:10, 页:926-928
部门归属: [1]广州市儿童医院,510120 [2]中国科学院南海海洋研究所
项目归属: 海洋生物
摘要: 目的 探讨广州地区儿童感染的星状病毒基因组分子结构特点和基因型.方法 参考GenBank上的星状病毒基因组设计分段扩增引物,进行RT-PCR分段扩增星状病毒基因组,克隆于T载体上,序列测定,用Clustal W和DNAStar软件分析基因组序列.结果 星状病毒HASTVgz01全基因组为6721 bp,提交到GenBank上的序列号为DQ344027,其中5'端非编码区(5'UTR)长82bp,3'端非编码区末端长81 bp,病毒基因组编码区全长6558个核苷酸,分别编码ORF1a、ORF1b、ORF2,ORF1a基因长2763 bp(83~2845 nt),ORF1b基因长1557bp(2785~4332 nt),其中ORF1a、ORF1b两基因有71个核苷酸的重叠区;ORF2全长2316 nt,位于基因组中4325~6640 nt.ASTVgz01与GenBank中8种基因型星状病毒的ORF2基因氨基酸序列同源性比较发现,HASTVgz01与4型的同源性为93%,其他的同源性在61%~70%之间.结论 广州地区儿童腹泻感染的星状病毒HASTVgz01全基因组为6721bp,GenBank序列号为DQ344027,HASTVgz01与4型星状病毒的ORF2基因氨基酸序列比较同源性为最高,确认HASTVgz01是4型星状病毒.
内容类型: 期刊论文
URI标识: http://ir.scsio.ac.cn/handle/344004/7999
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朱冰;钟家禹;李潇; 陈翊;林涛;吴灶和;周荣;龚四堂.广州检出星状病毒4型的全基因组序列测定及分析,中华微生物学和免疫学杂志,2006,26(10):926-928
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